Чтобы диагностировать микотоксикозы, следует тщательно проверить стадо на наличие симптомов. Симптомы зачастую носят неспецифический характер и варьируют в зависимости от присутствующих микотоксинов, что делает диагностику сложной. Тщательное выявление симптомов и анализ крови в комбинации с адекватным анализом корма позволяет наиболее точно диагностировать микотоксикозы.

Микотоксикоз, вызванный фумонизином, вызывает очень специфичное увеличение соотношения сфинганин:сфингазин. Однако так как анализ сфинганина и сфингазина очень сложен, то в полевых условиях это соотношение в качестве биомаркера  используется редко.