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Como é difícil prever ou avaliar o risco de micotoxicose, estratégias de prevenção devem ser iniciadas mesmo em situações de baixo risco. Essas devem ser voltadas primeiramente para a minimização da formação de micotoxinas no campo e durante a armazenagem.
A limpeza é vital, e todos os tambores e utensílios usados para a ração devem ser limpos regularmente e mantidos secos. Rações emboloradas ou vencidas não deveriam ser fornecidas aos animais mesmo considerando que elas não necessariamente contêm micotoxinas. Produtos como feno ou palhada devem ser colhidos e secos de maneira adequada. A ração deve ser armazenada preferencialmente dentro da embalagem até logo antes do uso e uma vez aberta, a ração deve ser armazenada em um local fresco e seco onde não haja flutuações extremas de temperatura. A cama das baias deve ser bem limpa e deve-se considerar que a camada mais funda da cama têm uma probabilidade maior de conter fungos. Também é importante limpar com cuidado as áreas próximas a cochos.
Deve-se verificar que as misturas de sementes para pastagens não contenham endófitos e principalmente as éguas prenhes, devem ser mantidas afastadas de forragens infectadas com esses fungos. Pastagens de gramíneas devem ser roçadas regularmente para que as plantas permaneçam em estado vegetativo de crescimento e para prevenir a formação de flores e sementes.
A maior parte dos fabricantes de ração analisa as matérias-primas e o produto acabado, e muitos atualmente adicionam agentes ligantes de micotoxinas à formulação da ração como garantia adicional contra a presença de micotoxinas.
