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Ruminantes
As perdas econômicas associadas com a micotoxicose incluem redução da produção de leite, redução da fertilidade, aumento da contagem de células somáticas (CCS), aumento da suscetibilidade a doenças e redução da longevidade.

Como as dietas dos ruminantes geralmente incluem tanto concentrados como forragens, o que pode aumentar o risco de micotoxinas em relação aos animais que não consomem forragens, reconhecer e analisar os casos de micotoxicose pode ser um grande desafio.

O fato de que as micotoxinas são parcialmente metabolizadas no rúmen complica a situação, uma vez que isto pode levar à desintoxicação mas também pode resultar na produção de novos metabólitos, ainda mais tóxicos. O metabolismo da micotoxina no rúmen é bastante afetada pela composição da dieta e por isso é difícil de prever. Em geral, o metabolismo é mais eficiente em um pH ruminal mais neutro do que em condições ácidas.

A multiplicidade de ingredientes em dietas completas pode aumentar a probabilidade de contaminação por múltiplas micotoxinas, mas diminui o risco de altas concentrações de micotoxinas porque qualquer ingrediente de ração é diluído na dieta final. Isto muitas vezes irá impedir sintomas muito específicos de micotoxina nos rebanhos, mas irá resultar em sintomas mais gerais, como um desempenho baixo do ideal.

Como as forragens preservadas têm maior probabilidade de abrigar fungos e micotoxinas a eles associadas do que as forragens secas, quando as condições anaeróbicas não são estritamente observadas, as silagens representam um maior risco de contaminação por micotoxina.

Muitos sub-produtos agrícolas e da indústria de alimentos, como polpa de frutas e resíduos de destilaria, comumente usados nas dietas de ruminantes, são com freqüência manipulados na forma úmida, o que significa que os fungos podem crescer e as micotoxinas ser produzidas durante as fases de armazenagem e transporte. Além disso, os sistemas de pastejo não podem ser considerados como completamente seguros em relação à contaminação por micotoxinas. Gramíneas frescas podem ser contaminadas por endófitos fúngicos que produzem micotoxinas como ergovalina e lolitrem B,além das micotoxinas típicas de Fusarium como zearalenona ou DON.

Na produção leiteira, a ração é o vetor chave trazendo as micotoxinas para o sistema de produção e as estratégias de controle devem enfocar principalmente a otimização da qualidade da ração. Contudo, há relatos de casos em que concentrações significativas de micotoxinas foram introduzidas nos sistemas produtivos através do material de cama. Por isso, a qualidade da palha deve ser considerada como um fator de risco, especialmente em vacas secas, que são arraçoadas abaixo do apetite e por isso consomem palha

Para reconhecer a micotoxicose de forma efetiva, os rebanhos precisam ser cuidadosamente inspecionados quanto ao sintomas. Muitas vezes, os sintomas são muito gerais e podem variar muito, de acordo com as micotoxinas presentes, dificultando o diagnóstico adequado. Combinado com análise adequada da ração, o cuidadoso reconhecimento dos sintomas e os exames de sangue permitem o diagnóstico mais preciso de micotoxicose.