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因为霉菌毒素中毒的风险很难预测或评估，即使检测到很低的霉菌毒素中毒风险，也应该启动防范策略。这些防范策略应该以减少霉菌毒素在田间和仓储过程中的生成为主要目标。
清洁至关重要，所有的料仓和储藏设施都应该定期清洁并保持干燥。尽管霉变和过期的饲料不一定都含有霉菌毒素，但是仍然不应该把这样的饲料饲喂给动物。干草和草料必须用正确的方法收获和干燥。饲料在使用前应该用袋装，一旦打开应该在凉爽干燥的地方保存，避免过大的温度波动。马槽周围的彻底清理也很重要。
必须要保证牧草种子不含内生真菌，要特别注意怀孕母马，不要让怀孕母马采食到内生真菌感染的草料。草场应该经常补播以维持草场的植物生长状态，防止牧草开花和结籽，以减少通过空气传播内生真菌的机会。
怀孕后期的母马不能用谷物黑麦的麦草做垫料。使用的垫草应该先检测霉菌毒素。干草和牧草样品要检测麦角缬碱（ergovaline）和震颤素B（lolitrem B），但是检测时实验室应该选用HPLC方法，因为高压液相色谱（HPLC）方法比薄层色谱法（TLC）方法更准确。应该使用产驹记录监控马群的产驹情况，如胎盘重量等信息。如果胎盘重量超过马驹出生重的11%，就要引起注意。纯种的留种母马胎盘重量不应该超过6.5公斤。
大多数的种子生产者定期检测种子的原料和终产品，许多生产者现在都在种子中添加霉菌毒素吸附剂，来消除霉菌毒素的危害。
非饲料来源的霉菌毒素
在马厩中使用稻草、麦秆、刨花和其它形式的垫料非常普遍，特别是对于大工作量的马尤为如此。在冬季寒冷季节，更多的马在舍内圈养。如果垫料污染了霉菌毒素，那么马患霉菌毒素中毒症的几率就大大提高。最近澳大利亚的一个研究显示，超过80%的送检麦秆样品检出霉菌毒素阳性。麦草的质量对于每天在马厩中的时间长达23小时的赛马尤为重要。
马厩中的垫料应该彻底地清理，深的垫草更可能含有真菌，也就可能含霉菌毒素。
