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棒曲霉素（Patulin）是聚酮内酯，由某些生长在水果，包括苹果，梨子和葡萄上的真菌（如：青霉菌，曲霉菌和丝衣霉菌）所产生的霉菌毒素。1940年，棒曲霉素首次被分离出来，但直到现在人们才知道棒曲霉素是一个全球性存在于苹果和苹果产品中的真菌毒素。
在一堆完整的水果中，可通过肉眼识别出品质差的水果来。棒曲霉素是常见于苹果的真菌，被棒曲霉素污染的苹果常出现“褐腐病”或其他腐烂特征。水果一旦出现肉眼可见的腐烂迹象，可认为水果有霉菌生长并腐烂，并且可能含有棒曲霉素。
使用品质不佳的水果生产果汁或其他加工产品时会导致许多危害。棒曲霉素的污染还会发生在蔬菜，谷物和青贮饲料。通常，棒曲霉素不是危害力特别大的霉菌毒素。
导致水果擦伤和腐烂的贮存条件无形中增加了水果产生棒曲霉素的可能性。棒曲青霉是一种霉菌，以棒曲霉素的形式存在于苹果汁中。
棒曲霉素可被离析成无色至白色的晶体。棒曲霉素可溶解于水、甲醇、乙醇、丙酮、乙酸乙酯和乙酸戊酯溶液中；在二乙醚和苯溶液中的溶解性较差。棒曲霉素在酸溶液中是稳定的，但在 2N H2SO4 溶液中煮沸6小时可被分解。棒曲霉素在碱性溶液中易于水解，可被SO2和发酵过程（贮存）还原。
棒曲霉素具有广谱的抗生素特点，研究人员对它治疗感冒的效果进行了评估和测试，但未证明其效力。然而，由于它的毒性作用，对胃具有刺激作用，导致反胃和呕吐，研究人员已不再继续其作为治疗用途药物的研究。
棒曲霉素中毒症的症状为牛消化道出血。报道指出，1954 年日本死亡 100 头奶牛的事件就是因为采食了被棒曲霉素污染的饲料。
据研究报道，大鼠棒曲霉素的半致死量（LD50）为15mg/kg 体重，皮下注射后的半致死量为 25mg/kg 体重。死亡通常因肺水肿而导致。在长期低剂量摄入的情况下，观察不到棒曲霉素的不良影响。研究证明，棒曲霉素具有免疫毒性和神经毒性。 研究证明，棒曲霉素具有免疫毒性和神经毒性。许多研究发现，棒曲霉素具有遗传毒性作用，如导致 DNA 或染色体受损（短期研究）。然而，这些都是采用微生物或哺乳动物细胞培养所做的研究结果，其所使用的剂量与人类所摄入剂量无参考价值。
基于对大鼠和小鼠繁殖机能和长期致癌性研究的结果，联合食品添加剂专家委员会（JECFA）将棒曲霉素的暂定每周可耐受摄入量（PTWI）定为 7 µg/kg 体重。
