一个新近出现的因素使得养猪生产复杂化，就是猪饲料中使用来自燃料乙醇企业的副产品－酒糟（DDGS），这些酒糟通常是被霉菌毒素污染的。在发酵过程中，淀粉用于生产乙醇，而纤维、蛋白质和污染物等，如霉菌毒素，则被浓缩在副产品中。与用于乙醇生产的原料谷物相比，酒糟中的霉菌毒素含量通常浓缩了3-4倍。然而，进一步导致情况复杂化的是，当人们使用ELISA试剂盒分析检测酒糟时，常常出现假阳性的结果，这可能是因为这些副产品的酸性特点。

液体或湿料饲喂系统的引入使养猪业面临霉菌毒素的空前挑战。严格执行卫生程序以最大程度地控制饲料搅拌罐、饲料运输线和料槽中的霉菌毒素是至关重要的。