在奶牛生产中，饲料是主要的霉菌载体，将霉菌毒素引入奶牛生产体系中，控制霉菌毒素的策略应重点放在提高饲料的质量上。

与干的草料相比，贮存的饲草很容易成为霉菌的藏身之地。在制作青贮饲料时，由于厌氧条件很难严格地控制和维持，青贮饲料存在很大的霉菌毒素污染的风险。

配合日粮中饲料原料的多样性导致多种霉菌毒素污染的可能性增加，但降低了高浓度霉菌毒素的危险，这是因为任何一种饲料原料成分在最终的日粮中被稀释了。这使得奶牛群通常不会出现非常有典型的霉菌毒素中毒症状，但通常会出现一般性的非典型症状，如生产性能降低。